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Der Rhein als zentrales Fliessgewässer wie auch seine Zuflüsse erfahren durch den Klimawandel Veränderungen und damit verbunden auch Stress und Belastungen, die sich auf die Menge und die Qualität seines Wassers, seine Lebewelt aber auch auf seine Anwohnerschaft auswirken. Die Ergebnisse des Projektes "Bodensee-Wandel" der IGKB (www.seewandel.org) zeigen, dass sich in den letzten Jahren sowohl im Pelagial als auch im Litoral des Sees grosse Veränderungen in der Fauna abgespielt haben. So hat sich beispielsweise die Quagga-Muschel sehr stark verbreitet und damit die Biosphäre verändert. Der Hochrhein als Seeabfluss «importiert» entsprechende Probleme aus dem Untersee.
Im Auftrag des Interkantonalen Labors Schaffhausen und des Amtes für Umwelt Thurgau wurde eine Potentialanalyse Phase 1 erstellt. Sie beinhaltet eine Analyse zum Zustand der Gewässerbiozönosen, Lebensraumanalysen, Einschätzungen zu den Auswirkungen des Klimawandels und Beschreibungen von möglichen Massnahmen.